Во втором сезоне Локи предстоит разобраться в последствиях финала первого. Тот, Кто Остаётся, предложил два варианта: убить его и наблюдать, как другие его версии разрушают Священную хронологию, либо сохранить временную шкалу под контролем УВИ. Сильвия выбрала месть и убила его за пережитые страдания. Похоже, именно это привело к расколу временной шкалы и появлению как минимум 63 новых ветвей вселенной.
Крах Священной хронологии неизбежно даст серьёзные последствия. После убийства Того, Кто Остаётся, Сильвия толкает Локи через временную дверь. Он оказывается в УВИ, где его никто не узнаёт. Теперь богу озорства придётся помочь этой альтернативной версии организации найти выход из сложившейся ситуации. Задача окажется непростой, ведь ему самому нужно понять, как действовать в изменившемся мире.
Отдельная линия второго сезона - судьба сотрудников УВИ. Их вырвали из родных временных рамок и заставили забыть прошлую жизнь. Что с ними произойдёт дальше, сериал пока не раскрывает. Этот вопрос остаётся одним из главных для продолжения.